Publié le 08.06.2021

Étudier le virus de la Covid-19 du patient à la paillasse

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Dans le cadre de la lutte contre la Covid-19, les virologues ont été fortement impliqués notamment ceux du campus bordelais. Rencontre avec Marie-Édith Lafon et Harald Wodrich, co-responsables de l’équipe Spacvir au laboratoire Microbiologie fondamentale et pathogénicité (MFP).

« La date du 22 janvier 2020, je m’en souviens très bien. C’est le jour où nous avons eu le premier patient atteint de la Covid-19 à Bordeaux », raconte Marie-Édith Lafonprofesseur de l’université de Bordeaux et praticien hospitalier, chef du service de virologie du CHU de Bordeaux. Menant ses recherches au laboratoire Microbiologie fondamentale et pathogénicité (MFP – CNRS et université de Bordeaux), elle partage la direction de l’équipe Spacvir* avec Harald Wodrich, directeur de recherche Inserm en virologie. « À la fois du côté hospitalier, comme du côté de nos recherches fondamentales, notre travail a soudainement changé. »

Au sein de l’équipe Spacvir, les chercheurs travaillent depuis des années sur les adénovirus, virus respiratoires qui touchent principalement les enfants. Le corps développe une immunité à vie après l’infection et le virus n’est alors plus dangereux. Cependant, les adénovirus provoquent des infections graves chez les patients soumis à un traitement immunosuppresseur pour une transplantation d’organe. « J’apporte des questions observées auprès de mes patients que mes collègues étudient avec une approche fondamentale », précise Marie-Édith Lafon.

 

Des adénovirus aux coronavirus

Comment les adénovirus infectent-ils les cellules ? Pourquoi provoquent-ils une telle réponse immunitaire ? Comment fonctionne l’autophagie antivirale, processus de dégradation cellulaire qui est également une réponse au stress de la cellule en cas d'infection ? Quel est le devenir du génome viral ? Pour étudier ces questions, les chercheurs de MFP ont développé des outils d’imagerie de pointe. « Nous sommes à ce jour le seul laboratoire qui puisse filmer la réplication virale ou encore des génomes viraux individuels dans les cellules, explique Harald Wodrich. Nous savons ce qui se passe, où et quand. »

Une technologie qu’ils ont pu appliquer pour lutter contre un autre type de virus : le coronavirus SARS-CoV-2. « Quand nous avons décidé de travailler sur le virus de la Covid-19, j’ai développé mon expertise en 48 heures de lecture non-stop », plaisante Harald Wodrich. Les scientifiques ont rapidement adapté leurs outils et réalisent notamment l’imagerie des processus viraux dans le cadre du projet Anaconda.

Financé par l’appel ANR Flash Covid-19, le projet a pour objectif de suivre l’infection dans un modèle d’épithélium bronchique différencié et d’évaluer la réponse inflammatoire. Les travaux sont menés en collaboration avec d’autres équipes et chercheurs de MFP (l’équipe de Marie-Line Andréola), de la plateforme Bordeaux Imaging Center (BIC), et du Centre de recherche cardio-thoracique de Bordeaux (CRCTB – Inserm et université de Bordeaux, Hôpital Xavier Arnozan) avec Thomas Trian. « Nous avons été parmi les premières personnes à voir le SARS-CoV-2, se souvient le virologue. Nous observons comment ses protéines se comportent dans des cellules infectées, comment elles se déplacent au cours du temps, quelles cellules sont infectées... »

 

En première ligne contre le SARS-CoV-2

Dans le même temps, Marie-Édith Lafon et son équipe au CHU de Bordeaux étaient au front pour tout mettre en place du côté clinique. « Changement des procédures et des consignes de sécurité, développement du diagnostic avec le test PCR… Tout était à inventer. » Un nouveau laboratoire à l’Hôpital Saint-André à Bordeaux a aussi été ouvert pour tester la population à grande échelle une fois le confinement terminé. « Le nombre de tests annuels a explosé, il a fallu s’adapter pour gérer cette vague », raconte-t-elle. « Marie-Édith est beaucoup trop modeste, si nous avons des tests et que la surveillance du virus fonctionne encore actuellement dans le sud-ouest de la France, c’est en grande partie grâce à l’équipe qu’elle coordonne au CHU, qui continue à travailler sans compter ! », ajoute Harald Wodrich.

Ces derniers mois, l’équipe Spacvir mène également des recherches avec des collaborateurs en Allemagne sur la prochaine génération d’antiviraux qui ciblent la morphogénèse des particules, « l’emballage » du génome viral. « La difficulté avec les variants est qu’on peut avoir trouvé un inhibiteur qui stoppe une interaction entre protéine et récepteur, mais dès que le virus mute, cet inhibiteur peut perdre de son efficacité, précise le scientifique. Nous cherchons donc des processus plus conservés dans le virus, c’est-à-dire des interactions spécifiques qui doivent toujours être les mêmes pour que le virus survive, peu importe le variant. » En s’attaquant à ces interactions-là, les chercheurs espèrent que des inhibiteurs fonctionnant même quand le virus mute puissent être développés.

« La bonne nouvelle de l’année écoulée est que deux types de vaccins complètement nouveaux sont sortis : celui à ARN messager comme les vaccins Pfizer-Biontech et Moderna, ainsi que les vaccins AstraZeneca et Janssen reposant sur la technique du « vecteur viral non répliquant » à base… d’adénovirus », se réjouit Marie-Édith Lafon. « Ces derniers sont des virus très stables et de très bons adjuvants, ce qui est nécessaire pour être un bon vecteur de vaccin, précise Harald Wodrich. Nous revoilà donc à nos questions initiales : comment l’expression d’un vecteur adenoviral est-elle régulée dans une cellule ? Pourquoi les adénovirus sont-ils immunogènes ? »

 

Une potentielle révolution en vaccinologie

Du côté clinique, il est désormais important de savoir si et combien de temps les individus vaccinés seront immunisés, en particulier pour les personnes immunodéprimées. « Je pense que cette pandémie va complétement changer la vaccinologie, y compris pour d’autres virus. Je suis convaincue que les vaccins contre la grippe vont changer, et beaucoup d’autres », conclut la virologue. « Le potentiel de ces avancées est énorme. »

 

 

De nombreux projets sur la Covid-19

L’équipe de Marie-Édith Lafon et d’Harald Wodrich est également impliquée dans un second projet ANR avec Marie-Line Andréola et Andreas Bikfalvi, professeur de l’université de Bordeaux au Laboratoire de l'angiogenèse et du microenvironnement des cancers (LAMC – Inserm et université de Bordeaux) dans le cadre duquel ils cherchent à comprendre comment les coronavirus infectent les cellules des vaisseaux sanguins. Ils travaillent aussi avec le Dr Guilhem Solé, responsable du Centre de référence des maladies neuromusculaires du CHU de Bordeaux, dans le cadre d’un projet financé par l’Association française contre les myopathies (AFM) pour caractériser la réponse au vaccin contre la Covid-19 dans un groupe de patients atteints de maladies neuromusculaires.

 

Source 

Lire l'article publié le 08/06/2021 sur le site de l'université de Bordeaux.