FAQ

Alors que l’épidémie liée au coronavirus SARS-CoV-2 s'est propagée dans le monde, la recherche se mobilise pour accélérer la production des connaissances sur ce virus, sur la maladie qu'elle provoque (Covid-19) ainsi que les moyens de la guérir et de la prévenir.


FAQ Covid-19

  • Les coronavirus appartiennent à l’immense famille des coronaviridés, en circulation naturelle parmi de nombreuses espèces animales, avec des effets variés, de l’inoffensif au mortel. Ce sont des virus à ARN, donc très sujets à mutations, et au génome très long, donc propice à des recombinaisons. Quatre types de coronavirus bénins sont déjà connus chez l’humain, pour affecter les systèmes respiratoire (ils seraient responsables de 15 à 30% des rhumes courants), et plus rarement gastro-intestinal, cardiaque et nerveux. Trois autres types provoquent des infections graves : SARS-CoV, connu pour avoir été à l’origine d’une épidémie de pneumonie aiguë chez les humains en 2002-2003, SARS-CoV2 proche du précédent et responsable de la pandémie en cours et MERS-CoV qui a sévi au Moyen-Orient en 2012. Les analyses génétiques montrent que le SARS-CoV-2 appartient au même groupe des Betacoronavirus que le virus RaTG13, isolé à partir d’une chauve-souris provenant de la province chinoise du Yunnan.

    Plus récemment, un virus encore plus proche a été isolé chez le pangolin malais. La région particulière de la protéine du virus qui lui permet d’infecter les cellules humaines présente 99 % d’identité avec le SARS-Cov-2 (contre 77% seulement pour  le virus RaTG13 qui n’est pas en mesure de contaminer directement les humains). Cela suggère que SARS-Cov-2 est issu d’une recombinaison entre deux virus différents, l’un proche de RaTG13 et l’autre plus proche de celui du pangolin.

    En savoir plus sur le site du CNRS (Tribune AllEnvi : la pandémie du coronavirus aussi une question d’environnement).

  • La grande majorité des maladies émergentes ayant donné lieu à des épidémies sont des zoonoses, c’est-à-dire que des pathogènes d’origine animale en sont à l’origine. C’est le cas par exemple de Zika ou encore de la maladie d’Ebola pour laquelle plusieurs études ont confirmé que les chauves-souris étaient des réservoirs du virus.

    Dans les précédentes épidémies de coronavirus, il a été montré que la chauve-souris constitue également le réservoir du virus comme par exemple pour l’épidémie de SRAS au début des années 2000. Un hôte intermédiaire, lui-même infecté par ces chauves-souris, est nécessaire à la transmission de ces virus chez l’humain. C’est le cas de la civette palmiste masquée pour le SRAS-CoV, vendue sur les marchés et consommée en Chine, et du dromadaire pour le MERS-CoV.

    Dans le cas de la pandémie de Covid-19, si l’on est bien certain qu’il s’agit d’une zoonose, le réservoir viral n’a pas encore été clairement identifié. Dans la publication Emerging Infectious Diseases, des chercheurs viennent de montrer le potentiel pour les chiens viverrins d’être infectés par les SARS-CoV-2, émettant ainsi l’hypothèse qu’il pourrait s’agir d’un hôte intermédiaire.

     

    Le Global Virome Project, ambitieuse initiative portée par plusieurs équipes de scientifiques sur 10 ans, estime que près de 1,7 million de virus encore inconnus existent chez les mammifères et les oiseaux, dont plus de 500 000 seraient en capacité d’infecter l’espèce humaine. Or, depuis plusieurs décennies, les épidémies de maladies infectieuses émergentes touchant l’humain s’accélèrent. Une étude de référence sur le sujet, publiée dans le journal Nature en 2008, montrait déjà la fréquence accrue de l’émergence de ces pathologies et leur potentiel épidémique depuis la deuxième moitié du xxe siècle, identifiant 335 nouvelles maladies infectieuses survenues entre 1940 et 2004. Parmi elles, plus de 60 % étaient des zoonoses. Une tendance qui n’a cessé de se renforcer ces 20 dernières années avec des épidémies plus nombreuses et plus fréquentes comme l’indique le graphique ci-dessous, issu de l’étude Climate variability and outbreaks of infectious diseases in Europe parue en 2013. Ces travaux ont illustré l’évolution du nombre de maladies ayant connu des dynamiques épidémiques entre 1950 et 2010.

    En savoir plus sur le site de l’Inserm.

  • Le récent rapport de l’IPBES suggère que 30 % des maladies émergentes identifiées depuis 1960 ont été causées par des modifications dans l’aménagement du territoire au détriment de zones sauvages et par l’exploitation des terres à des fins agricoles.

    Des travaux parus dans Biological Conservation en août 2020 renforcent cette idée : l’augmentation de la quantité de bétail sur la planète est positivement corrélée à un nombre accru d’espèces en voie de disparition ainsi qu’à une augmentation du nombre d’épidémies humaines au cours des dernières décennies.

    Dans certaines régions du monde, l’extension des terres agricoles associée à la déforestation signifie que des espèces animales sauvages sont plus à risque d’entrer en contact avec le bétail et avec les humains, et donc de transmettre d’éventuels virus. La transmission du virus Nipah en Malaisie à la fin du siècle dernier en est un bon exemple : l’habitat naturel des chauves-souris du genre Pteropus porteuses du virus y a été détruit par la déforestation, poussant ces animaux à s’installer dans les vergers à proximité d’espèces domestiquées. Le bétail a été infecté en consommant des fruits exposés aux chauves-souris et contenant le virus, puis a à son tour infecté l’humain.

    Des données supplémentaires suggèrent aussi un lien entre fréquence accrue des épidémies entre 1990 et 2016, déforestation dans les zones tropicales et expansion de zones agricoles, notamment pour les plantations de palmiers à huile.

    De même, le trafic et la vente d’animaux sauvages semblent aussi avoir accéléré l’exposition humaine à ces pathogènes. L’interdiction de la vente d’animaux exotiques pourrait s’avérer nécessaire pour prévenir de futures pandémies similaires à celle que nous vivons actuellement.

    En savoir plus sur le site de l’Inserm.

  • Les deux vaccins anti-Covid-19 arrivés sur le marché, issus des laboratoires américains Pfizer et Moderna, sont tous les deux des vaccins à ARN messager visant la protéine Spike située à la surface du Sars-CoV-2.

    Il s’agit d’injecter une séquence génétique inoffensive qui sera utilisée comme une notice d’assemblage pour la fabrication de cette protéine virale par les cellules.

    Le spicule (spike) ainsi créé sera reconnu et mémorisé par le système immunitaire comme étranger et dangereux en cas de contact ultérieur avec le virus.

    - Les deux vaccins sont identiques en terme d’efficacité : 94,1% des formes symptomatiques évitées avec le vaccin Moderna et 95% pour celui de Pfizer.

    - Moderna affiche 90,9% d’efficacité chez les personnes à risques de forme grave (diabétiques, malades chroniques pulmonaires, obèses...), contre 95% pour Pfizer.

    - Principale différence : les conditions de conservation. Le vaccin Pfizer doit être conservé à - 80°C et ne peut être gardé que 5 jours dans un réfrigérateur. Alors que le vaccin Moderna est conservable en longue durée à - 20°C dans un congélateur classique et peut rester 30 jours au réfrigérateur.

  • Comme les vaccins traditionnels, les vaccins à ARN ou à ADN visent à confronter le système immunitaire à un « leurre » pour le pousser à développer des anticorps contre le virus.

    Il s’agit de faire produire les fragments d’agents infectieux directement par les cellules de l’individu vacciné. Pour cela, ce n’est pas le virus dans sa forme atténuée qui est injecté mais seulement des molécules d’ADN ou d’ARN codant pour des protéines de l’agent pathogène.

    Les cellules de la personne vaccinée localisées au niveau du site d’injection (principalement les cellules musculaires et les cellules du système immunitaire) sont alors en mesure de fabriquer elles-mêmes lesdites protéines, choisies en amont pour leur capacité à déclencher une réponse immunitaire significative et protective.

     

    Les ARN messagers ne pénètrent pas dans le noyau qui contient l’ADN des cellules humaines. De plus, ils sont beaucoup plus fragiles que l’ADN. C’est pourquoi un vaccin à ARNm nécessite d’être congelé. Il aura une vie dans la cellule extrêmement courte et va se dégrader très rapidement, tout en ayant eu le temps de générer une quantité suffisante de protéines adjuvantées pour stimuler le système immunitaire.

     

    IMPORTANT : l’ARN injecté via le vaccin n’a aucun risque de transformer notre génome ou d’être transmis à notre descendance dans la mesure où, comme mentionné plus haut, il ne pénètre pas dans le noyau des cellules. Or, c’est dans ce noyau cellulaire que se situe notre matériel génétique.

     

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  • La grande majorité des effets secondaires observés lors des essais cliniques se manifestent le lendemain de la vaccination et durent habituellement moins de 3 jours. Ils sont classiques et relativement attendus et fréquents : rougeur au point d’injection, fatigue, maux de tête, douleurs musculaires, frissons ou fièvre. C’est ce que l’on appelle la « réactogénicité ». Les effets généraux sont plus fréquents après la 2e dose de vaccin et chez les personnes plus jeunes. Ils sont le plus souvent légers à modérés et durent en moyenne 2 à 3 jours.

    A noter que les effets secondaires sérieux, connus, s’avèrent par ailleurs apparaître dans les minutes suivant l’injection et peuvent donc être pris en charge immédiatement. Il s’agit du choc anaphylactique ou de l’œdème de Quincke, dont la fréquence est de l’ordre de 1 pour 10 millions de doses de vaccin. On les retrouve pour un grand nombre de médicaments et sont heureusement rarissimes.

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  • Les tests virologiques et les tests antigéniques recherchent la présence du virus dans l’organisme à un instant donné. Ces tests permettent d’établir si on est porteur du virus au moment du test.

     

    Les tests sérologiques détectent les anticorps produits par l’organisme suite à l’infection par le SARS-CoV-2. Ils permettent de savoir si on a déjà été infecté par le virus, qu’on ait présenté des symptômes ou non.

     

    Les tests virologiques

    • Ils détectent le matériel génétique du virus grâce à une méthode qui permet d’amplifier des fragments du génome viral présent dans un prélèvement (RT-PCR).
    • Il existe deux types de tests virologiques : ceux réalisés à partir d’un prélèvement nasopharyngé de cellules de la muqueuse respiratoire ; ceux, plus récents, réalisés à partir d’un prélèvement salivaire.
    • En moyenne, le virus est détectable dans les prélèvement nasopharyngés 2 ou 3 jours avant l’apparition des symptômes et 7 à 10 jours après environ. Il est donc peu utile de réaliser un test passé ce délai. Toutefois, certaines personnes conservent des traces de matériel génétique du virus au niveau de l’épithélium respiratoire une fois la maladie terminée. Il est donc possible qu’un test soit positif une à deux semaines suivant la fin des symptômes, alors que l’individu n’est plus contagieux.

    Les tests antigéniques

    • Ils détectent une des protéines du virus (généralement la protéine de nucléocapside N) dans un prélèvement nasopharyngé ou nasal, simplement mélangé à un réactif.
    • La mise en œuvre du test est semblable à celle des tests de grossesse : quelques gouttes du mélange sont déposées sur une bandelette qui change de couleur en fonction de la présence ou de l’absence du virus dans le prélèvement.
    • Le résultat est connu en moins d’une heure.

    Les tests sérologiques

    • Ils détectent des anticorps spécifiques dirigés contre le SARS-CoV-2, à partir d’un échantillon de sang. Ces tests sont réalisés en laboratoire.
    • Des tests rapides d’orientation diagnostique (TROD) sont disponibles en pharmacie de ville : ils reposent sur le même principe, sont plus faciles à réaliser, mais moins sensibles. Leur résultat nécessite une confirmation par un test sérologique en laboratoire.
    • Lorsqu’un test sérologique est positif, la présence d’anticorps indique qu’on a été infecté par le SARS-CoV-2, mais cela ne permet pas de savoir si on est contagieux, ni si les anticorps détectés nous confèrent une immunité contre une nouvelle infection.

    En savoir plus :

    Sur le site de la Haute Autorité de Santé (HAS)

    Sur le site de l’Inserm.