13.01.2021

FAQ : virus, cause et transmission

Sommaire

C'est quoi un coronavirus ?

Les coronavirus appartiennent à l’immense famille des coronaviridés, en circulation naturelle parmi de nombreuses espèces animales, avec des effets variés, de l’inoffensif au mortel. Ce sont des virus à ARN, donc très sujets à mutations, et au génome très long, donc propice à des recombinaisons. Quatre types de coronavirus bénins sont déjà connus chez l’humain, pour affecter les systèmes respiratoire (ils seraient responsables de 15 à 30% des rhumes courants), et plus rarement gastro-intestinal, cardiaque et nerveux. Trois autres types provoquent des infections graves : SARS-CoV, connu pour avoir été à l’origine d’une épidémie de pneumonie aiguë chez les humains en 2002-2003, SARS-CoV2 proche du précédent et responsable de la pandémie en cours et MERS-CoV qui a sévi au Moyen-Orient en 2012. Les analyses génétiques montrent que le SARS-CoV-2 appartient au même groupe des Betacoronavirus que le virus RaTG13, isolé à partir d’une chauve-souris provenant de la province chinoise du Yunnan.

Plus récemment, un virus encore plus proche a été isolé chez le pangolin malais. La région particulière de la protéine du virus qui lui permet d’infecter les cellules humaines présente 99 % d’identité avec le SARS-Cov-2 (contre 77% seulement pour  le virus RaTG13 qui n’est pas en mesure de contaminer directement les humains). Cela suggère que SARS-Cov-2 est issu d’une recombinaison entre deux virus différents, l’un proche de RaTG13 et l’autre plus proche de celui du pangolin.

En savoir plus sur le site du CNRS (Tribune AllEnvi : la pandémie du coronavirus aussi une question d’environnement).

 

Qu'est-ce que le SARS-CoV-2 ?

C’est un virus enveloppé à ARN [les virus sont constitués de matériel génétique (ADN ou ARN) entouré d'une structure protectrice. Certaines familles de virus possèdent une enveloppe extérieure supplémentaire, dérivée des membranes des cellules infectées (virus enveloppés)] appartenant à la famille des coronavirus, à laquelle appartient également les virus SARS-CoV et MERS-CoV.

Il est légèrement plus grand que les virus de la grippe, du SRAS et du MERS, avec une taille en moyenne de 125 nanomètres. Son génome a été séquencé et est composé de 15 gènes, faisant partie des plus longs génomes chez les virus à ARN. Les fonctions de la majorité des protéines codées par ce génome sont connues : parmi elles, la protéine Spike (ou S) située à la surface de l'enveloppe virale qui joue un rôle clé dans l'entrée du virus dans la cellule cible.

 

Le SARS-CoV-2 mute-t-il ?

Les virus mutent en permanence pour s'adapter à leur hôte et à l'environnement.

En comparaison avec les virus à ADN, les virus à ARN (comme par exemple le virus de la grippe ou le VIH) ont tendance à muter plus rapidement et plus fréquemment. Les coronavirus, qui sont également des virus à ARN, sont néanmoins plutôt stables car ils produisent une enzyme correctrice d’erreurs, appelée « exoribonucléase ».

Le SARS-Cov-2 muterait environ deux fois moins rapidement que les virus grippaux.

GISAID, la plateforme de collecte et d’analyse des données de séquences du SARS-CoV-2 : mise en place à l’origine pour rassembler à un endroit et analyser les séquences du virus de la grippe, GISAID permet aux chercheurs d’avoir accès rapidement à plus de 130 000 séquences complètes du virus provenant de 122 pays. Cette plateforme est donc très importante pour suivre les évolutions du SARS-CoV-2 et de la pandémie.

 

En savoir plus

Quand on dit qu’un virus « mute », qu’est-ce que cela signifie ?

Tous les virus peuvent muter. Après avoir infecté nos cellules, ceux-ci se multiplient en réalisant des copies d’eux-mêmes. Ce processus n’est pas parfait et les copies peuvent comporter des « erreurs » : les mutations. Le matériel génétique des copies virales diffère alors du matériel génétique du virus de départ.

La plupart des mutations ont peu ou n’ont pas de conséquences sur les propriétés du virus. Occasionnellement, ces mutations donnent lieu à un variant mieux adapté à son environnement que le virus initial. Dans ce cas, ce variant peut devenir dominant dans un environnement donné. Ce processus de sélection des variants est appelé « évolution virale » et c’est un phénomène naturel que tous les virus connaissent.

Les mutations peuvent, dans certains cas, avoir un impact, par exemple, sur la transmissibilité ou sur la virulence du virus. Elles expliquent aussi le passage d’un virus d’une espèce à une autre : elles jouent un rôle dans l’adaptation du virus au nouvel hôte.

Le SARS-CoV-2 muterait environ deux fois moins rapidement que les virus grippaux. Cela est dû en partie au fait que le SARS-CoV-2 dispose d’un mécanisme interne de correction d’erreurs lors de la réplication.

La mutation du SARS-CoV-2 est-elle inquiétante ?

Il est normal qu’un virus mute. La plupart des mutations ont peu ou n’ont pas de conséquences sur les propriétés du virus. Toutefois, selon l’endroit où les mutations sont situées dans le matériel génétique, et selon la manière dont ces mutations affectent la forme ou les propriétés du virus, certaines pourraient éventuellement avoir un impact sur la façon dont le virus se comporte et se propage.

Si un virus mute à tel point qu’il est différent de celui contre lequel les vaccins sont dirigés, ou de celui pour lequel les tests de diagnostic sont conçus, les mutations peuvent avoir une incidence sur l’efficacité des vaccins et des tests.

L’OMS, avec son réseau d’experts, surveille les mutations du virus de sorte que, si une telle situation se présente, des mesures puissent être prises pour empêcher la propagation du variant.
Jusqu’à présent, le SARS-CoV-2 a très peu muté, et cela n’a eu aucun impact sur les outils de diagnostic et les traitements disponibles et sur les vaccins dont la mise au point est en cours.

Que sont les nouveaux variants du coronavirus Sars-Cov-2 qui ont émergé au Royaume-Uni et en Afrique du Sud ?

Les virus mutent en permanence pour s'adapter à leur hôte et à l'environnement. La grande majorité des mutations sont sans conséquence, et peuvent même avoir un effet négatif sur le virus. D’autres en revanche peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie.

Si les mutations favorisent la circulation du virus (on dit que ces mutations sont sélectionnées positivement), elles entraînent alors l’implantation du nouveau variant, qui peut en quelques mois seulement devenir le variant dominant.

 

Les deux nouveaux variants du Sars-CoV-2, l'un apparu au Royaume-Uni et l'autre en Afrique du Sud, semblent être plus contagieux selon les premières données.

  • En effet, les données cliniques recueillies jusqu’ici confirmeraient que le variant britannique possède une capacité accrue de transmission (de 50 à 70% supérieure aux SARS-Cov-2 « classiques ») sans modification significative de sa virulence.
     
  • Le variant sud-africain présente également des mutations au niveau de la protéine Spike. Les études préliminaires indiquent qu’il est rapidement devenu dominant dans le pays – il aurait émergé en août dernier – et qu’il est probablement plus transmissible et associé à une charge virale salivaire plus élevée. Là encore, aucune donnée ne vient soutenir l’idée qu’il causerait des formes plus sévères de Covid-19.
     
  • L'efficacité des vaccins n'est pas remise en cause : en l'état actuel de nos connaissances, les experts pensent que les vaccins actuels seront efficaces contre ces souches.

En savoir plus sur le site de l'Inserm

 

Qu’en est-il du variant britannique du SARS-Cov-2 ?

Un « variant » est un organisme qui se distingue du virus d’origine par une ou plusieurs mutations. Le variant britannique du SARS-Cov-2 se distingue de la souche de référence par 23 mutations, dont 17 affectent la nature de protéines essentielles. Il s’agit de substitutions de nucléotides (les molécules organiques à la base de l’ADN) et de délétions de nucléotides.

Certaines de ces mutations se situent au niveau de la protéine Spike du virus, qui lui sert de point d’attache pour s’arrimer à nos cellules et les infecter. Si l’effet de cette nouvelle combinaison de mutations n’a pas encore été caractérisé, certaines d’entre elles ont été étudiées individuellement par le passé. Elles pourraient notamment affecter la transmission du virus, sa capacité à se répliquer voire même son antigénicité (sa capacité à être reconnu par le système immunitaire).

Les données cliniques recueillies jusqu’ici confirmeraient que ce variant possède une capacité accrue de transmission (de 50 à 70% supérieure aux SARS-Cov-2 « classiques ») sans modification significative de sa virulence. Le faible nombre de réinfections identifiées ne permet pas de tirer de conclusions sur l’efficacité de la réponse immunitaire croisée entre ce variant et les virus précédents.

En l’état, les chercheurs supposent que les mutations de la protéine Spike ne modifieraient pas de façon majeure sa capacité à être reconnu par le système immunitaire : les vaccins distribués actuellement resteraient donc efficaces. Des données de laboratoire devront toutefois confirmer cette hypothèse.

Il faudra également vérifier l’impact de ces mutations sur la capacité des jeunes enfants à être infectés par le variant et à le transmettre, ce qui pourrait modifier la place que nous leur donnons actuellement dans la circulation virale.

 

 

Que fait l’OMS pour surveiller et étudier les mutations du SARS-CoV-2 ?

Depuis le début de l’épidémie, l’OMS travaille avec un réseau mondial de laboratoires experts pour faciliter les tests et permettre une meilleure compréhension du SARS-CoV-2, à l’origine de la Covid-19.
Des groupes de chercheurs du monde entier ont séquencé le SARS-CoV-2 et ont mis à disposition les séquences dans des bases de données publiques, y dont la GISAID. Cette collaboration mondiale permet aux scientifiques de mieux suivre le virus et de savoir comment il évolue.
Au sein du réseau mondial de laboratoires de l’OMS, un groupe de travail étudie l’évolution du SARS-CoV-2 et qui s’attache à détecter rapidement les nouvelles mutations et à évaluer leur impact éventuel sur le virus lui-même et sur les outils de diagnostic, les traitements et les vaccins.

Comment le SARS-CoV-2 mute-t-il lorsqu’il infecte les animaux et quelles sont les conséquences de ces mutations ?

Le SARS-CoV-2 se propage principalement par transmission interhumaine, mais il existe des preuves de transmission de l’homme à l’animal. Plusieurs animaux, dont des visons, des chiens, des chats domestiques, des lions, des tigres et des chiens viverrins ont été testés positifs pour le SARS-CoV-2 après avoir été en contact avec des humains infectés.

Dans plusieurs pays, d’importantes flambées ont été signalées dans des élevages de visons. Le SARS-CoV-2 peut acquérir des mutations particulières quand il infecte des visons. On a observé que les variants qui infectent les visons peuvent infecter à nouveau l’homme. Les résultats préliminaires semblent indiquer que les variants du virus présents chez le vison et qui infectent les humains paraissent avoir les mêmes propriétés que d’autres variants du SARS-CoV-2.

D’autres travaux de recherche doivent être menés pour déterminer si ces variants présents chez le vison pourront se transmettre durablement chez l’homme et pourraient avoir un impact négatif sur les contremesures, telles que les vaccins.

L’OMS collabore étroitement avec d’autres organisations, comme l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture et l’Organisation mondiale de la santé animale, afin d’évaluer ces situations qui se produisent à l’interface animal-homme.

La maladie Covid-19 est-elle une grosse grippe ?

NON. La maladie Covid-19 est différente de la grippe. Et la comparaison est encore plus trompeuse si l’on confond les grippes dites pandémiques, très rares, et la grippe saisonnière qui circule d’un hémisphère de la planète à l’autre et y séjourne tous les ans tant que les conditions y sont hivernales. Cette dernière est, en général, sans conséquence grave, mais occasionne, notamment chez les personnes âgées, une surmortalité qu’on estime tout de même entre 290 000 et 650 000 décès chaque année dans le monde. Les traitements antiviraux et la vaccination empêchent que le bilan ne soit plus lourd. 

Le taux de mortalité du Covid-19 oscille entre 0,5 % et 1 %, et peut atteindre 2 % en cas de saturation des hôpitaux, comme au printemps en Italie et en Espagne. Le taux de létalité de la grippe est en moyenne de 0,1 %. Concrètement, alors que la grippe saisonnière tue jusqu’à 650 000 personnes par an, le Covid-19 a causé plus de 1,2 million de décès en onze mois, malgré des confinements et une mise à l’arrêt de l’activité économique et sociale dans la plupart des pays.

 

Le virus SARS-CoV-2 se transmet-il par les ondes de rayonnement de la 5G ?

Non. Cette information ne s’appuie sur aucun fondement scientifique. En aucun cas, les ondes de rayonnement de la 5G ne sont impliquées dans la diffusion du virus. Le virus se transmet d’une personne à une autre par voie aérienne via des gouttelettes respiratoires, par contacts directs avec des sécrétions ou liquides biologiques, ou encore par l’intermédiaire d’un objet contaminé.

Par ailleurs, les ondes radiofréquences de la 5G n’affaiblissent pas le système immunitaire, favorisant l’infection : elles ne sont pas suffisamment puissantes pour avoir un impact sur le système immunitaire et l’énergie associée à ces ondes est trop faible pour créer des dommages cellulaires au niveau de l’organisme, et plus particulièrement, pour avoir un impact sur les cellules immunitaires.

Lire sur inserm.fr

 

Les chauves-souris sont coupables de l’émergence de la Covid-19 : nuisibles, elles doivent être éliminées ?

Le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) responsable de l’épidémie humaine de Covid-19 n’a, à ce jour, jamais été identifié chez les chauves-souris par les scientifiques (juillet 2020). Elles sont cependant connues pour héberger naturellement d’autres coronavirus. Une séquence génétique très apparentée à SARS-CoV-2 a même été identifiée chez Rhinolophus affinis, une espèce de chauve-souris présente dans la province chinoise de Yunnan, où se sont déclarés les premiers foyers de l’épidémie.

Le scenario actuellement privilégié par les scientifiques serait que le virus SARS-CoV-2 soit issu d’une mutation ou de la recombinaison génétique d’un virus très proche. Cet événement aurait pu se produire chez un mammifère consommé par l’humain, tel qu’un pangolin ou une civette, lui-même au préalable infecté par un coronavirus véhiculé par les chauve-souris, voire co-infecté par un autre virus. Une autre hypothèse est que cet événement se soit déroulé directement chez l’humain, après infection par un virus d’origine animale.

Ce sont la chasse, la vente et la consommation d’animaux sauvages qui auraient permis l’exposition de l’humain à de nouveaux coronavirus.

Lire sur l'INRAE

 

Que sait-on du virus SARS-CoV-2 ?

Le SARS-CoV-2 appartient à la famille des coronavirus (CoV), dénomination liée à la « couronne » que forment certaines protéines à la surface de ces virus. Il a été identifié pour la première fois à Wuhan en Chine, en décembre 2019.

Plusieurs coronavirus sont déjà connus pour être capables d’infecter les humains : trois coronavirus saisonniers responsables de symptômes hivernaux sans gravité (rhumes), le SARS-CoV responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le MERS-CoV responsable d’une atteinte respiratoire potentiellement sévère (Middle East Respiratory Syndrome). Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus pathogène pour l'Homme. Il est responsable de la maladie Covid-19 (COronaVIrus Disease 2019).

En savoir plus sur le site de l’Inserm.

 

Quelle est l'origine du SARS-CoV-2 ?

L’origine du SARS-CoV-2 n’est pas totalement élucidée. Particulièrement fréquents chez certains animaux, les coronavirus ne franchissent qu’épisodiquement la barrière d’espèces pour infecter l’Homme. Il existe cependant des exceptions, comme le SARS-CoV qui a été accidentellement transmis à l’Homme via la consommation de civettes masquées et le MERS-CoV via les dromadaires.

Le SARS-CoV-2 est génétiquement plus proche des virus infectant les chauve-souris que du MERS-CoV ou du SARS-CoV. Mais, jusqu’à présent, aucune transmission virale directe n’a été décrite entre cette espèce et l’humain. C’est pourquoi les chercheurs estiment probable que la transmission à l’Homme a eu lieu par le biais d’une espèce hôte intermédiaire. Le pangolin a été initialement identifié comme porteur d’un coronavirus proche du SARS-CoV-2, toutefois plusieurs éléments laissent douter de cette possibilité, notamment parce que les séquences génétiques du virus responsable de l’épidémie actuelle et celles du coronavirus qui infecte le pangolin conservent des différences significatives.

Restent deux hypothèses :

  • le virus aurait été transmis de la chauve-souris à l’Homme via une espèce animale non encore identifiée ;
  • le virus aurait circulé depuis plusieurs années chez l’Homme, à bas bruit, jusqu’à ce qu’une mutation récente l’ait rendu plus virulent et pathogène.

Aucune donnée ne va dans le sens d’un échappement accidentel du virus depuis un laboratoire.

En savoir plus :

 

Qu’est-ce que l’épidémiologie ?

L’épidémiologie est une composante essentielle de la santé publique. Dans un premier sens littéral, c’est une science qui étudie les épidémies, le mode de contagion des agents infectieux et les moyens de les combattre. Il s’agit d’identifier les cas, la transmission de la maladie et de modéliser sa progression afin de lutter contre ces épidémies.

Mais il y une autre composante de l’épidémiologie, moins connue du grand public, qui est celle de l'analyse de la santé à l'échelle des populations. Objectif : identifier les déterminants des maladies, parfois appelés les facteurs de risque, leur répartition et leur impact, les profils des groupes à haut risque de maladie dans la population. Cette identification permet de déboucher sur des stratégies de prévention ciblée et de traitement et, d’une façon générale, de mieux comprendre les mécanismes des maladies.

Les études épidémiologistes sont fondées sur des enquêtes, souvent des cohortes de personnes suivies pendant plusieurs années. Par exemple, c’est une vaste étude épidémiologiste anglaise qui a pu montrer dans les années 50 le lien entre le tabac et le cancer du poumon… De la même manière aujourd’hui, de nombreux AVC sont évités par des actions de prévention car les facteurs de risque ont été identifiés par des études épidémiologiques et que l’on peut agir sur les déterminants.
L’épidémiologie apporte donc des réponses aux grands problèmes de santé de façon collective.

En savoir plus sur le site de l’Université de Bordeaux